עוד לפני השלמת בנייתה, הועלו חששות לגבי השפעתה השלילית של התחנה על הסביבה. הביקורת על תכנונה ועל תרומתה להידרדרות שכונת נווה שאנן הייתה נרחבת. התחנה נתפסה כסמל לכישלון בתכנון עירוני. לאורך השנים נעשו ניסיונות שונים לסגור או להרוס את התחנה, אך קשיים משפטיים ובירוקרטיים מנעו את מימוש תוכניות אלו. קיים מתח מתמשך בין העירייה, משרד התחבורה ובעלי התחנה בנוגע לעתידה. התחנה זכתה לכינוי "פיל לבן" – פרויקט גדול ויקר שהפך לכישלון, והפער בין השאיפות הראשוניות למציאות הנוכחית הוא אירוני ומצער.

התפיסה הציבורית השלילית והעקבית של התחנה במשך עשרות שנים יצרה דחף חזק לשינוי, אך המורכבות של המצב עיכבה פעולה יעילה. מעורבותם של בעלי עניין רבים עם אינטרסים שונים הקשתה על מציאת פתרון מוסכם. בהשוואה להצלחה של פיתוח מחדש של מתחם התחנה המרכזית הישנה, הכישלונות בניהול התחנה החדשה בולטים עוד יותר. העיכובים הממושכים והכישלון לקבל החלטות נחרצות בעבר אפשרו לבעיות התחנה להפוך מורכבות יותר, מה שהופך את מציאת הפתרונות כיום למאתגרת עוד יותר.

בעתיד הנראה לעין, צפויים שינויים משמעותיים בפעילות התחנה. לאחרונה נחתם הסכם להעתקת פעילות האוטובוסים לשלושה מסופים חלופיים באזור גוש דן: סמוך למתחם פנורמה, ברחוב החרש ובחניון הלוחמים. בטווח הארוך, מתוכנן מסוף תחבורה משולב וקבוע במע"ר בן צבי, שאמור לקלוט את כל הפעילות משלושת המסופים הזמניים.

באשר למבנה התחנה עצמו, עתידו עדיין לא ברור. תכנית המתאר המעודכנת של העירייה מתמקדת בפיתוח אזורים סביב תחנות תחבורה ציבורית , וקיימת אפשרות לבנייה לגובה באזור. בעלי התחנה הנוכחיים מעוניינים בפיתוח מחדש של הקרקע למטרות מסחר ומגורים. העירייה מקדמת מסמך מדיניות לבחינת עתיד המבנה, כולל אפשרויות של שימור, הריסה מלאה או הריסה חלקית. עם זאת, מימוש התכניות העתידיות כרוך באתגרים ובאי ודאות, כולל קשיים לוגיסטיים בהעתקת שירותי האוטובוסים, פתרון סוגיות משפטיות מתמשכות, מענה לצרכים החברתיים של הקהילה הסובבת והשגת הסכמה בין בעלי העניין השונים.

סיפורה של התחנה המרכזית החדשה בתל אביב משמש כדוגמה מאלפת למורכבות של פרויקטים פיתוח עירוני בקנה מידה גדול ולחשיבות של תכנון קפדני, התחשבות בהשפעות חברתיות וסביבתיות וניהול ארוך טווח יעיל. הכיוון הנוכחי של העתקת שירותי האוטובוסים מצביע על סיום אפשרי לתפקידה של התחנה כמרכז אוטובוסים מרכזי, ופותח פתח לאפשרויות פיתוח מחדש של השטח היקר עליו היא שוכנת. עתידה של התחנה, כמו עברה, צפוי להיות מורכב ומרתק, ויש לקוות כי השינויים העתידיים יביאו לתוצאה חיובית יותר עבור האזור והעיר כולה.